James Humphrey a înaintat repede în lucrarea bisericii între anii 1903 și 1913. A slujit ca pastor, a fost hirotonit, a devenit membru al Comitetului Executiv al conferinței și apoi a lucrat în cadrul nou-înființatului Departament pentru Persoanele de Culoare din America de Nord.
El nu a ignorat niciodată felul în care prejudecățile rasiale continuau să aibă un rol negativ chiar și în biserică. Un prieten i-a spus cândva că ar trebui să părăsească denominațiunea din cauza modului în care erau tratați oamenii de culoare.
Humphrey a răspuns: „Am refuzat categoric să fac lucrul acesta.”
Dorea să rămână în biserică și să încerce să schimbe situația din interior. A folosit darurile pe care le avea: o conducere convingătoare și excelente abilități de vorbire și organizare. A ținut campanii de evanghelizare în cort și a început să înființeze biserici mari în întreaga zonă a New Yorkului. Până în anul 1922 conducea patru biserici alcătuite în majoritate din membri de culoare.
Prima dintre ele, Biserica First Harlem, creștea atât de repede, încât clădirea devenise neîncăpătoare. Prin urmare, în 1924, Humphrey a înființat Biserica Harlem Numărul Doi și le-a păstorit pe amândouă. Între anii 1920 și 1927 a botezat peste două sute de persoane.
Humphrey lua în serios și îndemnul constant al Bibliei de a lupta împotriva sărăciei și a nedreptății. A elaborat proiectul Asociației de Binefacere Utopia Park, unde afro-americanii puteau beneficia de servicii medicale, educaționale și recreative. Pentru finanțarea proiectului, intenționa să vândă parcele oricărei persoane de culoare „cu o bună conduită morală”.
Doamne al tuturor popoarelor, Te-ai rugat ca noi să fim una, iar aceasta este și rugăciunea noastră. Există oameni care se împotrivesc unității, însă cei mai mulți dintre noi doresc cu adevărat voia Ta. Arată-ne cum s-o împlinim prin metode vizibile și constructive, care să apropie inimile în loc să le despartă. Amin.